การรุ่งเรืองของนาซีตั้งแต่ปี พ.ศ. 2473 เป็นต้นมา ทำให้เกิดการพัฒนาอาวุธต่างๆ ทั้งเพื่อการป้องกันและการโจมตี แบนติงได้เข้าทำงานวิจัยในกองทัพ ได้ร่วมการพัฒนาและสร้างชุดนักบินและการผลิตอาวุธชีวภาพ รวมเชื้อแอนแทรกซ์ ซึ่งไม่มีความชัดเจนในหลักฐาน

ระหว่างการทำงาน แบนติงไม่ใคร่พอใจกับวงการแพทย์ในขณะนั้นนัก และได้เข้าไปคลุกคลีกับกลุ่มศิลปินเพื่อปลดปล่อยความวุ่นวายใจที่ได้รับจากการทำงานด้านการแพทย์ ภาพเขียนของแบนติงที่หลงเหลืออยู่มีความคล้ายคลึงมากกับศิลปินกลุ่มนี้ คือ "กลุ่มเจ็ด" (Goup of Seven) ซึ่งเป็นกลุ่มจิตรกรภาพเขียนภูมิทัศน์ที่โด่งดังของแคนาดา

แบนติงแต่งงานสองครั้งและมีบุตรชายหนึ่งคน จากการแต่งงานครั้งแรก

แบนติงเสียชีวิตจากเครื่องบินลาดตระเวณทิ้งระเบิดล็อกฮีดที่เขาโดยสารไปตกหลังจากบินขึ้นไม่นานเพื่อเดินทางไปอังกฤษเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2484 วัตถุประสงค์ในการเดินทางในครั้งนั้นไม่เป็นที่แน่ชัดว่าเพื่ออะไร แต่เชื่อกันว่า แบนติงพยายามไปร้องขอให้เพื่อนร่วมงานในอังกฤษใช้อาวุธชีวภาพเป็นที่พึ่งสุดท้ายในกรณีที่เยอรมันบุกเข้าโจมตีเกาะอังกฤษ อีกกระแสหนึ้งกล่าวว่า แบนติงปรารถนาใคร่ออกรบในแนวหน้า แต่ไม่ได้รับการยินยอมจากรัฐบาลเพราะว่างานวิจัยในแนวหลังสำคัญกว่า

ศพของแบนติงได้รับการฝังไว้ที่สุสานเมาท์พลีแซนท์ โทรอนโต